25 Ekim 1971 günü, babasının o sırada doktora yapmakta olduğu Strazburg'da dünyaya geldi. Babası sosyal psikolog ve akademisyen Nuri Bilgin, annesi diplomat Şafak Atayman'dır. Doğumundan kısa süre sonra anne ve babası ayrıldı, annesi tarafından büyütüldü. Soyadı olarak annesinin adını kullandı. Ortaokulu annesinin görev yaptığı Madrid'de, liseyi Ankara Atatürk Anadolu Lisesi'nde tamamladıktan sonra, ODTÜ Uluslararası İlişkiler Bölümünü bitirdi. Yüksek lisansını aynı üniversitede Kadın Çalışmaları Bölümünde yaptı. "Bektaşi ve Mevlevi Düşüncesinde Döngüsel Evren ve Kadınsılık Anlayışı" üzerine master tezinin ardından; ODTÜ Siyaset Bilimi bölümünde doktorasını tamamladı. Doktora tezi, "Türk Modernleşmesinin Kadın Prototipleri ve Marjinaliteye Tahammül Sınırları" başlığını taşıyordu. Elif Şafak'ın İslamiyet, kadın ve mistisizm hakkındaki yüksek lisans tezi Sosyal Bilimler Derneği tarafından ödüllendirildi.
Yüksek lisans çalışması sırasında Kem Gözlere Anadolu (1994) adlı öykü kitabını ve ilk romanı Pinhan'ı (1997) yayımladı. Bu eserle Kombassan Vakfı tarafından verilen 1998 Mevlana Büyük Ödülü'nü kazandı . Doktorasının ardından İstanbul'a taşındı ve Şehrin Aynaları'nı (1999) yazdı. Bir süre İstanbul Bilgi Üniversitesi'nde "Türkiye ve Kültürel Kimlikler", "Kadın ve Edebiyat" konularında dersler verdi. 2000 yılında Türkiye Yazarlar Birliği Ödülü'nü kazanan Mahrem romanı ile geniş okur kesimi tarafından tanındı. Bunu iki yıl ara ile yayımlanan Bit Palas (2002) ve İngilizce olarak yazdığı Araf (2004) adlı kitapları izledi.
Sanatçılara verilen bir bursla doktora sonrası çalışması için ABD'ye giden Şafak, çeşitli üniversitelerde dersler vermiştir. 2003-2004 akademik yılı boyunca Michigan Üniversitesi'nde yardımcı doçent olarak bulundu ve ders verdi. Ardından Arizona Üniversitesi Yakın Doğu Araştırmaları bölümünde yardımcı doçent olarak görev yaptı. "Edebiyat ve Sürgün", "Bellek ve Politika", "Müslüman Dünya'da Cinsellik ve Toplumsal Cinsiyet" konulu dersler veren Şafak, 2004 yılında beş yazarın (Murathan Mungan, Faruk Ulay, Elif Şafak, Celil Oker, Pınar Kür) ortak kaleme aldığı bir roman projesinde yer aldı, bu roman Beşpeşe adıyla yayımlandı.
Elif Şafak 2005-2009 senelerinde Zaman'da yazarlık yaptı. 2005'te Med Cezir adlı kitabında kadın, kimlik, kültürel bölünme, dil ve edebiyat hakkında yazılarını bir araya getirdi. Aynı yıl Referans Gazetesi Genel Yayın Yönetmeni Eyüp Can Sağlık ile Berlin'de evlendi 2006'da yayımlanan Baba ve Piç adlı romanını İngilizce olarak kaleme aldı. Türk-Ermeni ilişkilerini inceleyen bu roman nedeniyle hakkında Türklüğe hakaret ettiği gerekçesi ile dava açıldıysa da, suçun yasal unsurlarının oluşmadığı ve delil bulunmadığı gerekçesiyle beraat etti. Aynı yıl Şehrazat Zelda isimli kızı dünyaya geldi. Doğum sonrası yaşadığı depresyonu, İngilizce olarak kaleme aldığı Siyah Süt adlı otobiyografik romanda anlattı. İki yıl sonra oğlu Emir Zahir'i dünyaya getirerek ikinci kez anne oldu. 2009 yılının Mart ayında yayımlanan AŞK isimli roman, Türk edebiyat tarihinin en kısa sürede en çok satan edebi eseri unvanına sahip olmuştur. Aynı yılın sonunda, sekiz romanı ve ilk deneme kitabı Med Cezir'den seçilmiş paragrafları bir araya getirdiği Kağıt Helva adlı kitabını yayımladı.
2010 Kasım ayında Firarperest adlı deneme türündeki ikinci eseri piyasaya çıktı. Eserin içindeki illüstrasyonlar M. K. Perker'e aittir. Sonraki yıl Doğan Kitap'tan "İskender" isimli eseri piyasaya çıkmıştır. Kitabın kapak resminde, makyajla erkek haline gelen Elif Şafak'ın kendi fotoğrafı vardır.
Yazar, Türkiye'de çeşitli günlük ve aylık yayınlarda yazmaya devam etmektedir. 1 Mayıs 2009 tarihinden itibaren Habertürk gazetesinde ve aynı gazetenin "HT PAZAR" adlı ekinde yazılarını yayınlamıştır. Bu gazetede yayımlanan deneme türündeki yazılarından oluşan bir seçki, M.K Perker illüstrasyonlarıyla birlikte 2012 yılında Şemspare adıyla yayımlandı.
Mimar Sinan'ın yanında çırak olan Cihan adında bir Hint'in gözünden Osmanlı'yı anlattığı romanı Ustam ve Ben 2013 yılında yayımlandı.
